인천항만공사(IPA)가 인천지방국세청의 세무조사에서 500억 원대 세금 추징을 통보받은 것으로 확인됐다.

27일 항만업계에 따르면 인천국세청은 지난 5∼10월 IPA를 대상으로 정기 세무조사를 진행한 뒤 세금 504억 원을 내라고 통보했다.

추징 세금은 부가가치세·법인세 313억원과 가산세 189억 원 등이며, 대부분은 IPA가 정부로부터 무상사용 허가를 받거나 취득한 항만시설과 관련된 것으로 파악됐다.

인천국세청은 IPA가 최근 5년간 국유지인 인천 신항·북항 배후단지, 아암물류2단지에 기반시설을 조성한 뒤 항만시설 무상 사용 허가를 받은 게 과세 대상이라고 판단했다.

IPA가 사실상 국가로부터 용역을 받아 기반시설을 조성했고, 그 대가로 항만 시설 무상 사용 허가를 받았기 때문에 부가가치세 등 부과 대상이라는 논리다.

인천국세청은 비슷한 논리로 IPA가 조성한 뒤 취득한 국제여객터미널과 크루즈터미널 시설도 과세 대상에 포함했다.

그러나 IPA는 기반시설 조성의 대가로 항만시설 무상 사용 허가를 받은 게 아니기 때문에 과세 대상이 될 수 없다고 맞서고 있다.

기반시설 조성 공사는 항만공사법에 따른 IPA의 고유 목적 사업으로, 항만 경쟁력을 높이기 위한 투자였을 뿐이라는 주장이다.

IPA는 기반시설 조성과 관련 없이 항만공사법에 명시된 국·공유재산 무상대부 규정에 따라 해양수산부로부터 항만시설 사용 허가를 받았다는 점을 강조했다.

IPA는 인천국세청의 세금 추징이 부당하다고 보고 내년 1월 초 조세심판원에 조세심판을 청구할 계획이다.

이번에 부과된 세금은 IPA의 연간 매출액 1700억 원의 30%에 해당하는 수준이라 세금 납부 시 회사 재정 운영에도 어려움이 있다고 IPA는 설명했다.

다만 IPA는 조세심판 청구를 준비하면서 추가 가산금 부과 가능성을 우려해 전체 세금 504억 원 가운데 217억 원은 냈고, 나머지 287억 원은 인천국세청으로부터 납부 유예를 받았다.

IPA 관계자는 "인천국세청의 과세 논리대로라면 모든 국가기관의 사업이 부가가치세 부과 대상이 된다"며 "항만시설 무상사용 허가는 과세 대상이 될 수 없다고 보고 조세심판을 청구하기로 내부 방침을 정했다"고 말했다.