윤 장관은 참여정부 출범과 함께 군정권을 쥐었던 조영길 전장관이 2004년 7월29일 물러나자 곧바로 배턴을 이어받았다.
윤 장관은 역대 38대 국방장관 가운데 9번 째 최장수이지만 23대 윤성민(1982.5~1986.1) 장관 이후 20년간 재임기간이 가장 긴 장관으로 기록됐다.
해군중장 출신으로 거대 국방조직의 총수를 맡은 그는 노무현 대통령의 두터운 신임 아래 비교적 군 조직을 안정적으로 이끌고 군 개혁의 기반을 다졌다는 평가를 받고 있다.
윤 장관은 취임 2주년을 기념해 27일 국방부 출입기자들과 가진 오찬간담회에서 이런저런 문제들에 대한 자신의 의견을 담담하게 털어놨다.
먼저 윤 장관은 지난해 6월 국민적인 관심을 불러일으켰던 총기난사 사건으로 가장 힘들었다고 토로했다.
경기 연천군 최전방 GP(전초) 총기난사 사건이 벌어졌을 때 도의적 책임을 지고사의를 표명, ‘낙마위기’를 맞았으나 노 대통령의 신임으로 위기를 모면했던 일을 상기한 것. 그는 “그러한 일들이 다시는 일어나서는 안된다는 것이 모든 국민들의 바람”이라며 “군도 이런 열망에 부응해 고질적인 병영악습을 척결하고 새로운 병영문화를 정착시키려고 애를 쓰고 있다”고 말했다.
윤 장관은 ‘취임 초기 계획했던 생각이 얼마나 이뤄졌느냐’는 질문에 대해서는“50% 가량 이뤄졌다”고 평가했다.
2009년까지 국방부에 근무하는 현역 직위의 40% 가량을 민간인으로 전환하는 문민화계획과 병영문화개선 작업이 일정궤도에 올랐다고 자평한 셈이다.